El terreno de Pico Bonito es muy inclinado, lo que permite que se formen una gran cantidad de chorros y cascadas. La vegetación de Pico Bonito comienza con bosque lluvioso tropical, Los bosques tropicales son bosques de hojas anchas en las áreas tropicales y subtropicales del mundo.
La vegetación de Pico Bonito también protege en suelo de la erosión, y evita las peligrosas avalanchas de tierra, rocas y agua. La incontrolada corriente de agua y lodo en los ríos fue uno de los principales factores de los causo muchos daños durante el Huracán Mitch en 1998. Pico Bonito también es contiene de pequeños bosque secos bajos en su parte suroeste. Los bosques secos son muy raros en Honduras, estas áreas son el hogar de muchas especies endémicas de plantas y aves.Debido a que este parque nacional cuenta con variados hábitat y ecosistemas, el parque es el hogar de un inmensa cantidad de especies animales.
Algunas especies que habitan en el parque son danto, venado cola blanca, mapache, cusuco, tumbo armadillo, tigre, león, yaguarundí, mono arana, mono cara blanca, mono aullador, tepezcuinte, guatusa, chequeo y el nutria o perro de agua. Muchas de las especies habitan zonas de difícil acceso en la zona núcleo del parque. Un gran número de aves también viven el parque. Cantidades de gavilanes, palomas, loros, chupaflores, trepadores, golondrinas y somorgujos viven in el parque. También hay es tucán picoverde, pajuil, momotot corbatinegro, turco real, saltarín cuello blanco, trogon grande y quetzal norteño
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